लिंकोमाइसिन हाइड्रोक्लोराइड का उपयोग संवेदनशील ग्राम-पॉजिटिव बैक्टीरिया के उपचार के लिए किया जाता है। इसका उपयोग विशेष रूप से उन संक्रामक रोगों के उपचार में किया जाता है जो पेनिसिलिन के प्रति प्रतिरोधी होते हैं और इस उत्पाद के प्रति संवेदनशील होते हैं। जैसे कि सूअरों में पेचिश, स्थानिक निमोनिया, गठिया, सूअरों में एरिसीपेलस, और सूअर के बच्चों में लाल, पीले और सफेद दस्त। इसके अलावा, सूअरों में इसका ज्वरनाशक प्रभाव भी होता है।
लिंकोमाइसिन लिंकोसामाइड समूह का एक जीवाणुनाशक संकीर्ण स्पेक्ट्रम एंटीबायोटिक है, जिसका उपयोग अवायवीय जीवाणुओं और संवेदनशील ग्राम-पॉजिटिव वायवीय जीवाणुओं, विशेष रूप से स्टैफिलोकोकस एसपीपी और स्ट्रेप्टोकोकस एसपीपी के कारण होने वाले संक्रमणों में किया जाता है। अस्थि ऊतकों में उत्कृष्ट प्रवेश क्षमता के कारण लिंकोमाइसिन का उपयोग ऑस्टियोमाइलाइटिस के उपचार में किया जाता है।